Perttulas man hittade Ypäjä
Arkeologiska inventeringar från början av 2000-talet har hittat tecken på stenåldersbostäder vid stranden av Loimijoki. Det antogs tidigare att bosättningen kom till Ypäjäregionen under 500-talet. Enligt traditionen var Talonen den första mannen som bodde i området. Det var emellertid först på 1100-talet, då de finsk-finska och Häme-spelgränserna korsade Ypäjä, som bosättningen började bildas.
Utvecklingen i början av 1800-talet var långsam. Järnvägslinjen Åbo-Toijala, som öppnades först 1876, fick boggien att vända. Vägar byggdes och förbättrades, mekaniserat jordbruk och boskap utvecklades. Ypäjäs första industrianläggning var D.A. En ångsåg upprättad av Collin i slutet av 1880-talet, vilket gjorde att församlingarna kunde klippa brädorna för eget bruk. År 1875 öppnades församlingens första butik i byn Manninen som grundades av August Signell. Kyrkbyn och Ypäjänkylä fick snart sina egna butiker.
Kommundekretet 1865 markerade Ypäjäs självständighet, liksom många andra kommuner. Tidigare fanns det en Perttula kapellkyrka i området där församlingsmöten hölls. Ypäjä blev oberoende 1876, då kommunens gränser också definierades.
Kommunens befolkning växte starkt, särskilt i slutet av 1880-talet och början av 1900-talet. Kommunens befolkning toppade omkring 1950, då kareliska evakuerade (främst från Moolaa kommun) hade ökat den med i genomsnitt 200 personer per år under andra hälften av 1940-talet. Sedan dess har befolkningsutvecklingen avbildats av en svagt fallande våg.
En lag från 1931 beordrade Defense Shed’s Horse Shed and Riding School på den markägda herrgården. Även om Horse Shed and Riding School flyttade till Niinisalo 1955, hade grunden för namnet ”Finnish Horse Keeper” skapats, som blev officiellt 1982.